Con tàu tiếp tục được nhiều chủ sử dụng tiếp trong 12 năm nữa trước khi được chất hàng là giày ống và thức ăn cho mèo trong chuyến đi cuối cùng với vị thuyền trưởng đang muốn đánh chìm nó, rõ ràng là để đòi tiền bảo hiểm. Kế hoạch không thành công bởi con tàu không chịu chìm, nó lao lên Bãi đá ngầm Rochelois tại Haiti. Những tuyên bố khám phá xác tàu đã được đưa ra ngày 9 tháng 8 năm 2001, bởi một đội thám hiểm do tác giả Clive Cussler đứng đầu (đại diện National Underwater and Marine Agency) và nhà quay phim Canada John Davis (chủ tịch ECO-NOVA Productions of Canada), nhưng một cuộc phân tích tại Canada đã bác bỏ tuyên bố này. Scott St. George thuộc Geological Survey của Canada và Phòng thí nghiệm thuộc Tree-Ring Research tại Đại học Arizona đã phân tích những mẫu do NUMA cung cấp và tuyên bố là xác tàu Mary Celeste, và phát hiện gỗ đó được lấy từ những cây vẫn con sống ít nhất một thập kỷ sau khi con tàu đã đắm, như được trích dẫn trên tờ The London Independent ngày 23 tháng 1 năm 2005.[4]